编译丨王聪万博max体育官网

裁剪丨王多鱼

排版丨水成文

最近几年里，卵白质想象前驱David Baker，以及卵白质结构意想用具 AlphaFold 的诞生者Demis Hassabis和John Jumpe荣获了科学粉碎奖、拉斯克奖、引文桂冠奖等科学大奖。

2024年10月9日，他们将科学界最高奖——诺贝尔奖收入囊中，他们三东谈主共享了2024年诺贝尔化学奖。

2021年7月16日，DeepMind公司的Demis Hassabis和John Jumpe等东谈主在Nature发表论文，庄重推出了卵白质结构意想用具——AlaphaFold2，而在并吞天，华盛顿大学的David Baker履行室则在Science发表论文，推出了卵白质结构意想用具——RoseTAAFold。他们在论文中轮廓精采地讲解了怎样作念到精准意想卵白质3D结构的，并将这两款意想用具开源。

骨子上，在此之前的2020年第14届结构意想的枢纽评估（Critical Assessment of Structure Prediction，CASP）竞赛中，AlaphaFold2一经展示了其巨大的卵白质结构意想才能，并战抖了学术界。

而在曩昔一年里，至少出现了5项卵白质想象比赛，参赛者大多使用东谈主工智能（AI）用具，从新想象出全新卵白质，以算作更灵验的药物、工业酶或履行室试剂。

但卵白质想象畛域的茁壮在很猛进度上酿成了一些零乱，诓骗AI用具想象卵白质的速率远超在履行室制造和测试它们的速率，这使得东谈主们很难判断哪些想象次序或者用具简直灵验。

在曩昔，竞赛激动了枢纽科学进展，出奇是在卵白质结构意想畛域，举例，AlaphaFold2 即是在第14届CASP竞赛中一战成名。

而当今，一系列新比赛通过裁减干预门槛眩惑了来自宇宙各地的东谈主们干预卵白质想象相关畛域。但一些科学家指出，这些竞赛必须克服一些报复，举例笃定要处置哪些问题，以及怎样客不雅地选出凯旋者。不然，这些竞赛反而会对卵白质想象畛域酿成挫伤。

卵白质想象比赛的部分灵感来自于一场开动于30年前的竞赛，这一竞赛匡助开启了生物学东谈主工智能的创新。

这一竞赛即是结构意想的枢纽评估（Critical Assessment of Structure Prediction，CASP），该竞赛始于1994年，每两年举行一次，由马里兰大学的磋商生物学家John Moult和加州大学戴维斯分校的磋商生物学家Krzysztof Fidelis发起，该竞赛旨在挑战从卵白质的氨基酸序列磋商意想其卵白质三维结构，意想结构与简直结构最接近者凯旋。

2018年，DeepMind 公司（后被谷歌收购）凭借其初版卵白质结构意想用具AlphaFold在当年的CASP竞赛中成为第别称。两年后，新一代的AlphaFold2发扬号称炸裂，以至于CASP竞赛的发起东谈主John Moult速即晓示——意想浅易卵白质结构的问题基本上处置了。

如今，CASP竞赛的焦点一经升沉到了新的挑战上，举例，意想一个复合体中多个相互作用的卵白质的结构。

当今，很多东谈主但愿新出现的卵白质想象比赛粗俗激动卵白质想象畛域的发展，正如CASP竞赛匡助激勉了卵白质结构意想的创新相同，若是莫得CASP竞赛，就不会有AlphaFold。

本年6月份，德国慕尼黑工业大学的磋商生物学家Burkhard Rost赢得了海外通达科学非渔利组织“创新定约”（Align to Innovate）举办的卵白质工程锦标赛（Protein Engineering Tournament）。该竞赛分为两轮，最初，参赛者要意想不同酶变体的特点，在这一轮发扬最好的那些团队在第二轮中尝试从新想象一种粗俗剖析淀粉的酶，通过履行室考据来笃定最好想象者。

本年4月份，生物工夫公司Liberum Bio和爱戴卵白质想象用具Rosetta的科学家团体Rosetta Commons共同举办了冬季卵白质想象游戏大赛，并晓示了凯旋者，参赛者被条目再行想象一种现存的卵白质——一种庸俗用于卵白质纯化的植物病毒酶，以使其分子更高效。

而本年的BioML挑战赛，则是条目想象出一种用于CAR-T细胞诊疗的卵白质，凭证想象卵白与抗原靶点的逢迎、通过CAR发出信号、激活CAR-T细胞增殖和肿瘤杀伤反馈的进度来评比凯旋者。

一项最近推出的卵白质想象竞赛尤为引东谈主在意——进化2024（Evolved 2024），该竞赛的凯旋者将获取价值25000好意思元的亚马逊云劳动以及OpenAI等公司的价值数千好意思元的劳动。关于卵白质结构意想竞赛，对限制的评估很浅易——意想限制与通过履行解析的简直结构的相似进度。而关于卵白质想象而言，评估的圭臬彰着复杂的多，举例，若是条目想象一种卵白酶，想象出来的酶的活性、领路性以及对卵白质的水解效力，齐影响对想象限制的评估，因此，需要从多个维度进行评估，这就导致笃定凯旋者并装束易。

在Nature发表的一项报谈中，本年8月份，卵白质工程师Alex Naka诓骗他的札记本电脑和大致80个基于云磋商的AI处理器，想象了几十种卵白质，这些卵白质旨在靶向扼制肿瘤中发生突变的受体——EGFR（），他选出了其中最有出路的10种想象，参加了一项新发起的卵白质想象竞赛，并登上了排名榜榜首。

相关词，9月下旬公布的竞赛限制让他感到很失望，他想象的这10个卵白看起来很出色，但莫得1个在履行室中露馅出恶果，147种想象中，只好5个能与主义受体逢迎，其中以致有50个想象的卵白质根蒂就无法制造出来。

参考贵府：

https://www.nature.com/articles/d41586-024-03335-z